Całkiem jeszcze nie stara i w dobrym stanie świątynia niespodziewanie uległa całkowitemu zniszczeniu za sprawą ognia. W 1838 roku w nocy z 15 na 16 lipca od uderzenia pioruna kościół całkowicie spłonął (podobno w pagórek kościelny piorun uderzał już i dawniej, co zostało utrwalone w pamięci ówczesnych mieszkańców Korkożyszek). Spłonęły wszystkie dzieła sztuki sakralnej, cała kancelaria kościelna, nie uratowano żadnego przedmiotu. Parafianie nie pogodzili się ze stratą swego Domu Bożego. Już w pierwszym roku po pożarze postanowiono budować nowy kościół. Początkowo zamierzano wznieść murowaną, dość pokaźną budowlę, jednak z braku pieniędzy postanowiono poprzestać na niedużym drewnianym kościółku. Podczas budowy nowej świątyni nabożeństwa były odprawiane w budynku szkoły parafialnej. Trzeba dodać, że szkoła zaczęła działać w 1825 roku (po kilkunastoletniej przerwie), kiedy do Korkożyszek przybył Wincenty Żukowski, który tu szerzył oświatę pośród miejscowej dziatwy przez ponad 30 lat. Wiadomo, że w 1855 roku w owej szkole były wykładane następujące przedmioty: religia, arytmetyka, jęz. polski, jęz. rosyjski i kaligrafia. Co do nowego kościoła, to jego budowa kosztowała 487 rubli srebrem. Wybudowano go nie na szczycie pagórka (gdzie stał stary kościół), lecz trochę niżej, na zboczu w kierunku drogi do Podbrodzia. Miał około 20 metrów długości, 11 metrów szerokości i około 6 metrów wysokości i z wyglądu przypominał raczej lepszą chatę włościańską. Dach miał kryty gontami. W opisie czytamy (l 862): "W nawie kościoła i w zakrystii podłoga z cegieł. Ściany wewnątrz bielone wapnem z klejem, okien siedem po szyb ćwiartkowych 20, a nad chórem jedno z szyb 30 złożone. Ołtarz wielki optycznie malowany z obrazem Pożegnania śś. Apostołów Piotra i Pawła w ramach fugowanych, nad tym obrazem zawieszony także obraz Wniebowzięcia N.M.P. na płótnie olejno malowany w ramach pozłacanych, na tym ołtarzu umieszczone cyborium drewniane, olejno ciemnozielono malowane. Ołtarz drugi - po prawej stronie w nawie kościoła z ołtarzem św. Antoniego, a nad tym obraz św. Tadeusza z szatą brązową posrebrzaną. Ołtarz trzeci - po lewej stronie w nawie kościoła z obrazem Najświętszej Maryi Panny Bolesnej - a nad tym obraz św. Aloyzego Gonzaga w komży z brązu. W kościele jest organ z bębnem i gwiazdą".

Ówczesna parafia korkożyska obejmowała pokaźne terytorium i w połowie XIX wieku liczyła 3500 dusz wiernych. Msze były odprawiane w języku polskim (nauka i kazanie), co jest zrozumiałe, bo ludność w większości była narodowości polskiej. Koniec XIX wieku nie przyniósł ciekawszych wydarzeń w życiu parafii. W latach 1872 - 77 dobudowano z jednej strony kościoła zakrystię, zaś z drugiej - kaplicę. W roku 1884 kościół został okradziony. Zginęły wtedy niektóre najcenniejsze przedmioty.

Na początku XX wieku kościół był już dość stary, mało się także troszczono o potrzebne naprawy (przeciekał dach, podgniły ściany). Postanowiono zbudować nowy. W 1905 roku uzyskano pozwolenie od Kurii na budowę nowej, murowanej świątyni. Kościół miał powstać na nowym miejscu, w odległości kilkuset metrów od dawnego wzgórza kościelnego. Budowę rozpoczęto dopiero w 1909 roku, po uzbieraniu pokaźnej sumy pieniężnej. W 1910 roku, gdy zostało tylko okryć dach, dokończyć budowę dzwonnicy i prace wykończeniowe wnętrza, władze rosyjskie niespodziewanie zabroniły ukończyć budowlę, motywując tym, że nie uzyskano pozwolenia na budowę od Ministerstwa Spraw Wewnętrznych. Tak więc parafianie musieli czekać na nową świątynię przez następne 12 lat. Dopiero w 1922 roku, gdy się zmieniły realia polityczne, nowy proboszcz Aleksander Dulko ze zbiórek pieniężnych parafian zdołał zakończyć budowę już mocno podniszczonego kościoła. W 1924 roku świątynia była uroczyście poświęcona przez biskupa Matulewicza. Ten murowany kościół w Korkożyszkach dotrwał do naszych czasów.

W międzyczasie stary drewniany kościółek stał się niepotrzebny, tym bardziej, że w każdej chwili groził runięciem. W 1926 roku proboszcz wysłał prośbę do Kurii, żeby pozwolono sprzedać stary kościół i dzwonnicę (z tego można było uzyskać dość dużo dobrego drewna). Otrzymane pieniądze miano wykorzystać na budowę nowej plebanii i pokrycie długów parafii. Podano nawet ogłoszenie do "Wiadomości Archidiecezjalnych", jednak kupców jakoś się me znalazło. Stary kościół stał do roku 1936, dopiero wtedy zdołano go rozebrać i sprzedać za 650 złp. Za uzyskane pieniądze zrobiono nową ambonę (400 zip.), resztę zaś przeznaczono na budowę Domu Parafialnego. W 1928 roku trzeba już było remontować nowo zbudowany kościół. Pieniędzy katastrofalnie brakowało, parafia była w owe czasy już mocno zmniejszona (powstała nowa parafia w niedalekim Podbrodziu), ludność na ogół była dość biedna. Poradzono jednak i z tym, kładą podatek (l złp od hektara ziemi, dla nie mających ziemi - 50 groszy). Remontowano dzwonnicę, w której w owe czasy były dwa dzwony. Jeden ważył 295 kg, lany w 1910 roku, z napisem - "Na chwałę Boga Wszechmogącego", drugi - 115 kg, lany w 1906 roku w odlewni Włodkowskiego w Węgrowie z wizerunkiem MB Częstochowskiej. W 1927 roku parafia liczyła 5464 dusz wiernych. Na terenie parafii mieszkało między innymi 5 mahometan i 1800 Żydów (w tym 1000 mieszkało w Podbrodziu).

Pierwszy znany opis dworu Korkożyszki pochodzi z roku 1675. W dokumencie jest napisane: "Dom jeden niedawno postawiony, do sieni drzwi na biegunach, w prawej stronie izba biała z komorą, bez okien jeszcze i bez pieca, w lewej stronie piekarnia, ten dom gontami pobity. Za domem niżej ku rzecze spust przy grobli stary i opadły, dawniej kiedyś młynek bywał". Z opisu wynika, że dwór musiał być zniszczony w wyniku działań wojennych, a nowy jeszcze nie ukończony. Miasteczko Korkożyszki liczyło wówczas 11 zagród. Mieszkańcy osiedla mieli w większości z litewska brzmiące nazwiska - Rackun, Wazgiel, Blaszko, Juszko, Gadun czy Łabuć. Do majątku należała także jedna wieś Milejkańce (4 dymy) oraz kilka zaścianków (jeden z nich nad Żejmianą, gdzie mieszkał chłop Kiejsun - stąd zapewne powstał późniejszy zaścianek Kiejsuny).

Mnóstwo dokumentów pochodzi z XVIII wieku, jednak są to mało informatywne papiery, dotyczące głównie spraw gospodarczych i finansowych majątku - opisywano m. m. gatunek i ilość artykułów spożywczych dostarczonych przez włościan z Korkożyszek do kuchni seminaryjnej. Można stwierdzić, że majątki należące do Seminarium Wileńskiego były zarządzane bardzo umiejętnie i fachowo. Troszczono się o zwiększenie urodzajności zbóż i warzyw, budowano solidne budynki gospodarcze, dbano także o jakość stada bydła hodowanego w folwarkach, bądź przez chłopów majątkowych. Zarządca majątku Korkożyszki w 1810 roku pisał: "gatunek krów nienajgorszy, trzeba by jednak większych pokupować buhajów, osobliwie holenderskich, z któremi nasze krowy odstawione bardzo dobry rodzą gatunek bydła, ukraińskich buhajów łatwiej by było dostać, ale bydło ukraińskie tylko jest wielkie, ale nie mleczne.

Z dokumentów wynika, że co jakiś czas seminarzyści oddawali Korkożyszki w dzierżawę. Tak oto w 1789 roku na jednoroczny okres dwór wydzierżawiono dla niejakiego Widzewicza, zaś już po roku, czyli w 1790, spisano umowę na dzierżawę dworu z Konstancją Chodźkową.
Na początku XIX wieku cały majątek Korkożyszki liczył 139 włók ziemi (czyli ok 3300 ha). Miasteczko miało 18 gospodarstw, wieś Milejkańce - 6 gospodarstw. Na tak wielkim terytorium rozsiane były także następujące zaścianki: Żwirynia, Burbliszki, Kiejsuny, Sabliszki, Podżejmie, Zabołocie, Ważeliszki, Czubajka, Zatoka, Dala, Szerpliszki i Bewersia. Z tego okresu pochodzą opisy niektórych budynków majątkowych ilustrowane rycinami. Przedstawione urywki tych opisów pochodzą z roku 1825 i 1833. Na początku wygląd ówczesnego dworku: "wchodząc do budynku mieszkalnego z dziedzińca przed drzwiami mostek długi łokci 5, szeroki 4 łokcie, z desek piłowanych zrobiony, z którego drzwi proste pojedyncze na krukach i zawiasach żelaznych, stare, z klamką zapadającą". Czytamy dalej - "cały takowy budynek pod ścianami dwa wianki od ziemi drzewa zupełnie ma zgniłe, ponieważ bez podmurowania stawiony, w ścianach zaś w ogólności drzewa dosyć zdrowe. Dach nad dwiema częściami domu w 1831 roku słomą pod łopatę pokryty, a nad piekarnią stary, w wielu miejscach przecieka. "Dwór Korkożyszki był rozmieszczony w niedużej odległości od miasteczka - "odległość miasteczka i kościoła od dworu o półtorej wiorsty w prostym kierunku wyprowadzoną drogą, przy której w środku miasteczka znajduje się od dawna wystawiona zajezdna karczma". Karczem na ziemiach majątkowych było w ogóle 3, pierwsza w Korkożyszkach "między dwiema ulicami, naprzeciw kościoła zbudowana z drzewa sosnowego, z mieszkaniem w jednym końcu, a stodołą w drugim", druga w zaścianku Czubajka "przy drodze z miasteczka Korkożyszki do traktu pocztowego idącej, nad brzegiem Żejmiany, nad przewozem zbudowana ze stodołą" oraz trzecia w Podbrodziu "jadąc z Wilna gubernskiego miasta traktem głównym pocztowym do Świncian, Bracławia, Petersburga, przez most na rzece Żejmianie, tuż w małej dystancji po lewej stronie na wzgórku. Ganek brukowany na dwóch piramidach sosnowych okrągło wyrobionych, z dachem słomą pokrytym pod łopatę i na około płotkiem czyli bałasami stolarskiej roboty przyozdobiony, z dwoma ławkami do siedzenia. Takowa karczma dach słomą pod strych kryta i na każdym rogu spojenia wapnem mularskim kitowana oraz do spadu wody od ulewów dżdżowych ryny porobione. Ex opposito karczmy przez trakt, lodownia, przy której ganek na sześciu słupach, u dołu pomost z drzewa. Idąc za karczmę rzeką Żejmianą w górze do Świncian dom czyli była stara karczma w dystancji kroków 150". Niektóre budynki były już w stanie prawie całkowitego zniszczenia - "za miasteczkiem korkożyskim po prawej stronie drogi, z miasteczka do Podbrodzia idącej, są ślady byłej niegdyś cegielni i wapiennego pieca". Z budowli o znaczeniu przemysłowym był także jeden młyn -"na rzeczce Poilga, początek swój mającej od stawu, młyn nowozbudowany od dwóch kół, jedno do mliwa, a drugie do waluszu. Koła wodne diametru łokci 3 1/2. Takowy młyn zbudowany z drzewa sosnowego ciosanego, tarcicami wzdłuż pokryty, żelaznymi branknalami pokrycie przybijane. Długość jego w ścianach zewnętrznych łokci 13 1/2, szerokość łokci 11, wysokości łokci 6".

Zachodnia granica ziem korkożyskich szła wzdłuż rzeki Żejmiany. Na tym odcinku rzeki były w owe czasy trzy mosty: przy zaścianku Słomianka, koło zaścianku Trakinia oraz niżej wzdłuż rzeki na granicy z Czerwonym Dworem Parczewskich. W owe czasy Żejmianą miała dość duże znaczenie: spławiano nieograniczone ilości drewna, w dół i w górę płynęły barki z solą, ziarnem, woskiem i innym towarem, woda uruchamiała też niejeden młyn i tartak (jeden z nich był na prawym brzegu Żejmiany w zaścianku Jusina, tu drewno piłowały dwie piły uruchamiane przez potok wody z rzeki). Z pewnością można stwierdzić, że nawet w tak odległych czasach umiano korzystać z dobrodziejstw przyrody.

W 1842 roku, w ramach kampanii prowadzonej przez rząd rosyjski przeciwko kościołowi katolickiemu na byłych ziemiach Rzeczypospolitej Polskiej, były zabrane wszystkie majątki ziemskie należące do duchowieństwa katolickiego na korzyść skarbu państwa. Korkożyszki, jako dobra seminaryjne, także przeszły pod administrację państwową. Przez pozostałą część XIX wieku Korkożyszki mało rozwijały się, w połowie XIX wieku utraciły także status miasteczka, którego już nigdy nie odzyskały. Trzeba dodać, że w owych czasach Żydzi mieli prawo osiedlać się tylko w miastach i miasteczkach, a jak wiadomo obecność Żydów była pierwszym impulsem do powstania handlu w osiedlu. Natomiast w 1903 roku niedalekie Podbrodzie uzyskało status miasteczka, tym samym stając się otwarte dla Żydów. W ogóle, koniec XIX i początek XX wieku przyniosły wiele nowych i pożytecznych zmian dla Podbrodzia. Z małej wioszczyny i folwarku, w stosunkowo krótkim czasie, wyrosło pokaźne miasteczko o dość rozwiniętym handlu i z kilkoma zakładami przemysłowymi. Wielkie znaczenie miało uruchomienie w 1862 roku kolei żelaznej, która stała się swoistą drogą w świat. W ten sposób stare Korkożyszki zostały "przyćmione blaskiem" nowo powstałego Podbrodzia. Wiadomo, że już w 1905 roku, działało w Korkożyszkachtzw. "narodnoje ucziliszcze" czyli wiejska szkoła początkowa, finansowana przez państwo (prowadzenia szkoły parafialnej przy kościele zaniechano już dawno). Było to jedno z głównych narzędzi rusyfikacji kraju. Według danych z 1905 roku osiedle Korkożyszki liczyło prawie 320 mieszkańców. Wieśniacy w okolicy byli raczej biedni - złej jakości gleba i ucisk ze strony rządu nie przyczyniały się do rozwoju wsi.

Wybuch I wojny światowej przyniósł wiele nieszczęść dla Wileńszczyzny. Ucisk okupanta rosyjskiego został zastąpiony przez wyzysk Niemiec. Wojsko niemieckie potrzebowało dużo środków na utrzymanie tak znacznej liczby żołnierzy, poszukiwane były zwłaszcza żywność i obrok dla kom. Mieszkańcy wsi zostali obciążeni przymusowymi dostawami na rzecz wojska. Za tych kilka lat (1915 - 18) kraj został doszczętnie ogołocony ze wszelkiego mienia, wieś stała na skraju nędzy. Koniec wojny nie przyniósł oczekiwanego spokoju, ze wschodu przez Wileńszczyznę ciągnęły bandy bolszewickie, by "rozniecać ogień rewolucji_ w Europie Zachodniej. Młode Państwo Polskie na początku nie zdołało powstrzymać nawały wojsk sowieckich. Właśnie przez Korkożyszki na Wilno i dalej w kierunku Warszawy w pierwszych dniach lipca 1920 roku butnie szła bolszewicka IV Armia gen. Gaja. Jednak już po kilku tygodniach, po porażce w okolicach Warszawy, te same zgraje niedobitków, ścigane przez odrodzone Wojsko Polskie, uciekały do swego kraju, przy okazji rabując co się da.
Niepodległa Polska przyniosła na teren Wileńszczyzny upragniony pokój, który przyczynił się do dość prędkiego rozwoju naszej wsi. Same Korkożyszki według nowego podziału administracyjnego należały do gminy wiejskiej Podbrodzie powiatu święciańskiego. Główny Urząd Statystyczny Rzeczypospolitej Polskiej w 1938 roku informuje, że wieś Korkożyszki liczy 61 gospodarstw i mieszka tu 350 mieszkańców. Jak i w każdej większej miejscowości, w Korkożyszkach działała Publiczna Szkoła Początkowa, gdzie uczono dzieci podstaw czytania, pisania i rachunku.